В Национальном институте стратегических исследований создан Центр анализа интеграционных процессов (ЦАИП).

Главным направлением деятельности Центра является комплексное исследование и мониторинг интеграционных процессов на евразийском континенте. Особое внимание уделяется вопросам сотрудничества и развития ЕАЭС, ШОС и других межгосударственных объединений.

 В задачи Центра входит изучение проблем и возможностей интеграционных институтов, а также их влияние на экономику, политику, экологию, безопасность Кыргызстана и стран-партнеров.

Результатами работы Центра являются информационно-аналитические материалы для Правительства Кыргызской Республики, прогнозные сценарии развития интеграционных структур, разработка предложений и рекомендаций по обеспечению национальных интересов Кыргызской Республики в международных и региональных альянсах.